Jean-Hughes Matelly, s'étant exprimé contre le rapprochement police-gendarmerie, a été sanctionné par "mesure disciplinaire"

Jean-Hughes Matelly est également chercheur associé au Centre de recherches sociologiques sur le droit et les institutions pénales (CESDIP), unité mixte de recherche UMR 8183 du CNRS. L'organisation et le fonctionnement de la Gendarmerie Nationale faisant partie des sujets de recherche du CESDIP; c'est à ce titre qu’il fut l'un des auteurs* d’un article intitulé « Feu la Gendarmerie nationale» et paru dans Pouvoirs locaux , critiquant alors le rapprochement police-gendarmerie, dont voici un extrait :
« En matière de maintien de l’ordre, la nouvelle loi mettra fin à la garantie représentée par les réquisitions écrites pour l’emploi de la Gendarmerie (force armée) face aux réunions et manifestations publiques, rompant ainsi avec la tradition républicaine de séparation entre autorités civiles et forces militaires. Dans ces conditions, à quoi sert le maintien du statut militaire des gendarmes, sinon à continuer à les priver de toute limite légale du temps de travail, ce qui leur sera de plus en plus intolérable ? Quand on en aura perdu tous les avantages et qu’il n’en restera plus que les contraintes, c’est donc forcément ce statut qui disparaîtra définitivement. »
* Les autres auteurs de cet article sont Christian Mouhann et Laurent Mucchielli

En octobre 2009, un conseil d'enquête de la gendarmerie avait alors proposé la "radiation des cadres" de cet officier supérieur pour "manquement grave" à son obligation de réserve.

Interrogé par Jean-Alphonse Richard le 26 mars sur RTL, celui-ci s’est d’abord déclaré « stupéfait et atterré par la gravité de la sanction prononcée », ajoutant que des recours juridiques étaient possibles et qu’il souhaitait pouvoir « continuer à défendre les valeurs de la démocratie ».